Николай Иванович Крузенштерн родился 16 августа 1802 г. в семье адмирала.
Из немецких дворян Эстляндской губернии.
Отец - адмирал Иван Фёдорович Крузенштерн.
Окончил Институт Корпуса инженеров путей сообщения.
В военную службу вступил прапорщиком 28 мая 1820 года в военные инженеры.
30 июля 1821 г. переведён в лейб-гвардии Уланский полк юнкером
20 февраля 1823 г. произведён в корнеты с назначением 29 декабря того же года на должность адъютанта к исправляющему должность начальника Главного штаба 1-й армии генерал-адъютанту барону Толю.
19 марта 1826 г. произведён в поручики с утверждением адъютантом, причисленным по Гвардейскому корпусу.
10 октября 1828 г. назначен адъютантом к начальнику Главного штаба Его Величества генерал-адъютанту графу Дибичу 1828 года
8 ноября 1828 г. - произведён в штабс-ротмистры.
Принимал участие в русско-турецкой войне 1828—1829 годов на Дунае. Отличился при переправе через Дунай, а затем, состоя в отряде генерал-адъютанта Сухозанета, проявил себя в деле при рекогносцировке мыса Голотобурн под Варной. За отличие в сражении на реке Камчик награждён орденом св. Владимира IV степени с бантом. Далее Крузенштерн находился при осаде Силистрии и 2 июля ему была пожалована золотая сабля с надписью "За храбрость" - "За храбрость и мужество, оказанные при обложении крепости Силистрии и поражении Верховного Визиря. "
Затем Крузенштерн участвовал в сражениях при Шумле и Кулевчи, перешёл вместе с главной армией через Балканы и был в деле при взятии Сливно. Вообще за отличия в этой кампании он 22 апреля 1829 года получил чин ротмистра.
Продолжая состоять при Дибиче, Крузенштерн в 1831 году принимал участие в Польской кампании и за отличия против мятежных поляков был награждён орденом св. Анны 2-й степени и польским знаком отличия за военное достоинство (Virtuti Militari) IV степени. 7 июля 1831 года назначен флигель-адъютантом.
1 марта 1834 года Крузенштерн был переведён в Конногвардейский полк
22 апреля 1834 г. - произведён в полковники.
17 июля 1835 года назначен состоять в Свите Его Величества и 8 сентября 1843 года произведён в генерал-майоры Свиты Его Величества с отчислением от лейб-гвардии Конного полка.
03.11.1847-04.04.1850 гг. - Тульский губернатор
В начале 1850-х годов назначен военным и гражданским губернатором Орловской губернии
19 апреля 1853 года произведён в генерал-лейтенанты
с 1855 г. был Одесским военным губернатором.
26 августа 1856 г. назначен сенатором, присутствовал во 2-м отделении 3-го департамента.
9 октября 1866 г. вышел в отставку.
Умер 2 декабря 1881 г. Похоронен в селе Завалино, ныне Владимирской области, захоронение с надгробным камнем сохранилось.
Генерал-лейтенант
Государственные награды:
Орден Святой Анны III степени (14 апреля 1828)
Орден Святого Владимира IV степени с бантом (1829)
Золотая сабля с надписью "За храбрость" (1 августа 1829, по другим сведениям — 2 июля 1829 года)
Орден Святой Анны II степени (1831, императорская корона к этому ордену пожалована в 1833)
Польский знак отличия за военное достоинство (Virtuti Militari) 4-й степени (1831)
Орден Святого Станислава II степени (1833)
Орден Святого Владимира III степени (1837)
Орден Святого Георгия IV степени (17 декабря 1844, за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах)
Орден Святого Станислава I степени (18 августа 1849)